Esta historia transcurre antes de MK I.
El agente de las fuerzas especiales norte-americanas Jackson Briggs, Jax, recibe desde su coche una llamada de su compañera Gemini. Esta le dice que los criminales del clan el Dragón Negro, han escapado de la prisión de máxima seguridad recibiendo ayuda del exterior; y que Kano, un criminal que le causó a Jax muchos problemas anteriormente (no se especifica el qué), es el que les ha ayudado a escapar. También le informa a Jax de que unos compañeros suyos han seguido a Kano y sus secuaces, y que éstos se encuentran escondidos en unos almacenes abandonados. Jax contacta con los agentes que han seguido a Kano (entre ellos el Lt. Sánchez) y les ordena que no entren en los almacenes hasta que él no llegue; entonces, los agentes son sorprendidos por los secuaces de Kano, y Jax pierde la comunicación con ellos.
Al llegar allí, Jax se encuentra los vehículos de las fuerzas especiales en llamas y a sus compañeros asesinados. Es entonces cuando Jax dice: ¡¡Kano, pagarás por esto!!

Sin dudarlo, Jax entra en los almacenes en busca del clan del Dragón Negro con la intención de detenerlos. Tras inspeccionar los almacenes eliminando a los soldados del clan que intentaban detenerle, Jax se enfrenta a No Face, el cual utiliza un soplete y múltiples granadas para intentar detener a Jax, pero es fácilmente derrotado. Tras esto, Jax le comunica a lo sucedido a Gemini y sigue la pista del Black Dragon por una puerta que hay en los almacenes. Esa puerta lleva a unas galerías subterráneas, en las que el clan tiene múltiples instalaciones. Tras eliminar a la escoria que le intentaba detener, Jax se deshace de Tasia, una ninja con espadas; entonces se comunica con Gemini, la cual le informa que han descubierto que uno de los edificios del centro de la ciudad es utilizado por el clan como base de operaciones. Jax llega allí, se deshace de los soldados y se enfrenta a Jarek, un rápido luchador que utiliza un boomerang con filo en sus combates. Pero a Jax no le impresiona en absoluto y le vence en poco tiempo. Jax encuentra allí un mapa de una ciudad perdida llamada Sin Kiang, en la que Kano está tramando algo muy grande. Jax no duda en dirigirse allí...

Tras unas horas de vuelo, Jax llega a Sin Kiang y tras derrotar al ninja Tremor, el cual posee habilidades para producir temblores de tierra, Jax descubre un portal interdimensional por el cual Kano ha escapado, y Jax lo atraviesa también. El portal le lleva al Outworld, donde Kano ha ido para hacerse con el Ojo de Shitian, una poderosa gema de poder que permite a su poseedor viajar a través de diversos mundos libremente. Pero Jax llega justo a tiempo, le da su merecido a Kano, impidiendo que éste consiga el Ojo de Shitian, y le trae de vuelta a la Tierra para que se haga justicia.