Shao Kahn no fue el primero que atacó el reino de la Tierra. Hace miles de años, Shinnok era un Dios Anciano. Los Dioses Ancianos son los auténticos soberanos de todos los reinos. Contemplan como se crean y destruyen los mundos y gobiernan los mundos con infinita sabiduría. Sin embargo, Shinnok cayó en la codicia y en las ilusiones de falso poder sobre el nuevo reino de la Tierra. Este reino le daría a Shinnok un poder inigualable, pero para ello tendría que enfrentarse a Raiden, el joven Dios del Trueno y protector de la Tierra. Gracias a los poderes de un amuleto místico, el amuleto de los elementos, Shinnok pudo entrar en la Tierra sin encontrar oposición. Con la esperanza de librar a todos los reinos de la amenaza de Shinnok, Raiden inició una guerra contra Shinnok que condujo a la Tierra a una época de oscuridad, pero finalmente Raiden pudo desterrar a Shinnok al Netherealm (el infierno) y sepultó el amuleto de los elementos en las montañas de China.
Tras muchos años sufriendo y sometido a Lucifer, el emperador del infierno, un hechicero llamado Quan Chi llega a Shinnok y le propone ayudarle a vencer a Lucifer y a sacarle del infierno, a cambio de un puesto de mando en cuanto haya acabado todo. Shinnok accede, y juntos comienzan una dura batalla en el infierno en la que finalmente logran acabar con el reinado de Lucifer.
La primera parte del plan ya está acabada. Ahora sólo queda conseguir el amuleto de nuevo para sacar a Shinnok del infierno. Para ello, debe conseguir un mapa que muestra el camino hacia el amuleto. Quan Chi sabe que él solo no podría conseguir lo que necesita, por lo que contrata a dos de los mejores asesinos a sueldo de clanes enemigos para que le consigan el mapa. Quan Chi sabe que sólo volverá uno: el mejor de los dos.
El clan de asesinos chinos del Lin Kuei son una sociedad secreta situada al norte de Asia, que mata por dinero desde muchas generaciones atrás. Sus integrantes son instruidos desde muy temprana edad, y apenas tienen contacto con el mundo exterior. Los mejores guerreros del clan tienen algún poder especial, y cuando llegan a dominarlo, reciben un nombre clave.
 

Los ninja son el homólogo japonés del Lin Kuei; hace años, un Lin Kuei renegado llamado Takeda volvió a Japón dispuesto a enseñar todos los secretos que sabía del ninjitsu, convirtiéndose así en el enemigo número uno de los Lin Kuei. De este modo se fueron extendiendo sus técnicas, y se formaron varios pequeños clanes de ninjas; el propio Takeda formó el clan llamado Shirai Ryu.
Muchos años después, alguien contrata a un Lin Kuei y a un ninja del Shirai Ryu y les manda la misma misión: robar un mapa que muestra el camino hacia un amuleto legendario. Sub-Zero es el Lin Kuei encargado de ejecutar la misión; Scorpion es el ninja. Al encontrarse allí, ambos pelean por el mapa y Sub-Zero sale vencedor, arrebatándole la vida a su oponente.
Al llegar al cuartel de los Lin Kuei tras cumplir su misión, Sub-Zero se entera de que el que contrató los servicios de Scorpion y los suyos había sido la misma persona: el hechicero Quan Chi. A cambio, Quan Chi había matado al líder del Shirai Ryu. También le comunican el deseo de que continúe trabajando para Quan Chi, pero esta vez tendrá que buscar el amuleto de Shinnok. Para ello tiene que ir al templo de los dioses y derrotar sucesivamente a los cuatro dioses protectores del amuleto que representan los cuatro elementos: viento, agua, roca y fuego. Tras muchos combates y esfuerzo, consigue el amuleto, pero en ese momento aparece Quan Chi y se lo arrebata de las manos, diciéndole que había hecho muy bien su trabajo y burlándose de él, cruza un portal dimensional y desaparece. En ese momento aparece Raiden y le pregunta si es consciente de lo que acaba de hacer. Éste le explica a Sub-Zero que la Tierra está en peligro si el amuleto está en manos de Shinnok, y le obliga a seguir a Quan Chi hasta la fortaleza de Shinnok situada en el Netherealm (el infierno) para tratar de recuperar el amuleto.
Cuando llega allí, tras vencer a varios guerreros de Shinnok, debe enfrentarse a las tres asesinas personales de Quan Chi: Kia, Sareena y Jataaka. Mucho esfuerzo y sufrimiento, pero Sub-Zero sale victorioso. Ahora llega hasta Quan Chi, el cual le ofrece trabajar para él, pero Sub-Zero, seguro de su misión dice que no y reclama que le devuelva el amuleto. Quan Chi rie, y comienza la batalla. Quan Chi es demasiado fuerte y Sub Zero no está en su mejor estado físico; en ese momento llega Sareena, una de las asesinas que Sub-Zero había vencido anteriormente, y le ayuda a vencer a Quan Chi. Sareena le explica a Sub-Zero que le ha ayudado en agradecimiento por dejarla vivir antes. En ese momento cae fulminada por un rallo; Shinnok, con el amuleto colgado al cuello, está detrás y no consiente que un simple mortal desbarate sus planes. Sub-Zero, exhausto, consume todo el poder que le queda generando una enorme bola de hielo y la lanza contra Shinnok. Éste no sabía de los poderes del Lin Kuei, y le pilla por sorpresa; mientras se va congelando lentamente, Sub-Zero sabe que es el momento adecuado: le quita el amuleto del cuello, y escapa del Netherealm por un portal que Raiden abre.
Ya en la Tierra, Sub-Zero le devuelve el amuleto a Raiden y vuelve al cuartel de los Lin Kuei, donde le espera otra misión: participar en un pequeño torneo llamado Mortal Kombat.